Kyle Rogers, ein ehemaliger Special-Operations Soldat, wurde nach einem langen cryostasis Schlaf von einer jungen Frau namens Tori aufgeweckt. Während seines Schlafs ist auf der Erde viel passiert und sie erholt sich geraden von jahrelangem Krieg und einer mysteriösen Krankheit, die die Welt in den Abgrund gestürzt hat. Kyle leidet unter Amnesie, aber er lernt schnell, dass er der Schlüssel zum Überleben den Menschheit ist. Er soll eine riesige unterirdische Cryostation öffnen, die tausende von Menschen birgt, die die Welt neu bevölkern können.
Wake Up Call ist ein Single-Player in einer SciFi Atmosphäre, bei der der Spieler versucht diverse Mini-Spiele zu lösen, um Kyle bei seiner Genesung zu helfen und die Erde zu retten.